Podczas mszy żałobnej przed ołtarzem ustawiono drewnianą trumnę z symbolami jego posługi biskupiej — mitrą, ewangeliarzem, kielichem mszalnym i stułą. W uroczystościach uczestniczyli kardynałowie, biskupi, duchowni z całej Polski, przedstawiciele władz oraz wierni. Liturgii przewodniczył Stanisław Dziwisz.

Homilię wygłosił Tadeusz Wojda, który przypomniał rolę abp. Michalika w czasie napięć społecznych i politycznych po 2004 roku. Podkreślił, że zmarły hierarcha był „głosem biskupów” i konsekwentnie zabierał głos w sprawach dotyczących obecności Kościoła w życiu publicznym.

W kazaniu wspomniano również, że jego wypowiedzi często wywoływały kontrowersje i oskarżenia o angażowanie się w politykę, jednak — jak zaznaczono — wynikały one z poczucia odpowiedzialności za Kościół i życie społeczne.

Po zakończeniu liturgii Adam Szal poprowadził obrzęd ostatniego pożegnania. Trumna z ciałem hierarchy została złożona w podziemiach przemyskiej archikatedry.

Józef Michalik zmarł 3 maja 2026 roku w wieku 85 lat. Kierował polskim episkopatem w latach 2004–2014 — w okresie ważnych wydarzeń dla Polski i Kościoła, m.in. wejścia Polski do Unia Europejska, śmierci Jan Paweł II oraz debaty wokół lustracji duchowieństwa i przypadków pedofilii w Kościele.